Frank Schäffler war von 2005 bis 2013 Mitglied des Deutschen Bundestages. In dieser Zeit stemmte er sich vehement gegen die sogenannte Eurorettung und stimmte gegen sämtliche Maßnahmen der Schuldenvergemeinschaftung im Euroklub. In der FDP initiierte er 2011 einen viel beachteten Mitgliederentscheid gegen den Europäischen Stabilitätsmechanismus (ESM), den er knapp verlor.
Frank Schäffler ist Vertreter der Österreichischen Schule der Nationalökonomie und tritt für eine marktwirtschaftliche Geldreform ein. Er gründet derzeit in Berlin den klassisch-liberalen Thinktank »Prometheus Das Freiheitsinstitut«, der an die Tradition der angelsächsischen Denkfabriken anknüpfen will.