Pedro Ponce estudió en el Colegio de Santa Cruz en México. Se graduó como licenciado en teología y, entre 1571 y 1626, tuvo a su cargo la diócesis de Zumpahuacán.
Una crónica de la época relata que: "En 1565 fue construido el templo parroquial para la congregación de los Agustinos ... por orden de Pedro Ponce de León, probablemente hijo de Lucas Ponce de León, hijo del rey Cuatlatlapatzin de Tlaxc...